Autobusy nahrazující osobní vlaky S3 vyjíždějí z Prahy hlavního nádraží, v Praze zastavují v zastávkách Letňany, Fryčovická, Cukrovar Čakovice a dále mimo území Prahy až do Neratovic v zastávkách poblíž vlakových nádraží. Vybrané večerní autobusy jedou navíc také přes Satalice a Kbely.

Autobusy nahrazující rychlíky R3 vyjíždějí buď z Prahy hlavního nádraží, nebo z Prahy-Vysočan. Ve směru Praha hl.n. navíc autobusy zastavují v Praze také v zastávkách Jankovcova (poblíž stanice metra Nádraží Holešovice) a Vltavská. Vybrané páteční a víkendové rychlíky pojedou mezi Prahou a Neratovicemi po odklonové trase, tudíž za ně nebude zajištěna náhradní doprava v trase Praha hl. n. – Neratovice.