Hlavním problém je absence dálnice D3. Termín kompletní dostavby se stále posouvá a zatím je v nedohlednu. Kromě dobrého spojení směrem na Prahu a Linz, má dálnice D3 hlavní přínos v tom, že odčerpá tranzitní dopravu z jednotlivých obcí a hlavně z Českých Budějovic. Bohužel vytouženou dálnici komunální politici nepostaví a mohou se tak pouze přimlouvat v Praze.

S čím však již budějovičtí politici mohou něco dělat je doprava ve městě. České Budějovice mají téměř ideální možnost stát se díky své členitosti cyklistickou metropolí. Bohužel opak je pravdou. Ve srovnání s ostatními městy v České republice je zde minimální podíl cyklistické dopravy na dělbě přepravní práce (cca 17%, pro porovnání v Uničově 42%, v Nymburku 38% nebo v Pardubicích 24%). Podpora cyklistiky je v Českých Budějovicích prakticky na bodě nula. O aspoň částečné zlepšení se snaží například CykloBudějovice o.s., bohužel dlouhodobě není komunálními politiky vyslyšeno.

Co se týká hromadné dopravy, opět zde město významně zaspalo. V posledních letech se začínají konečně prosazovat vyhrazené jízdní pruhy pro hromadnou dopravu. Takováto opatření jsou však v ostatních městech již dávno běžná. Navíc v Českých Budějovicích chybí integrovaný systém hromadné dopravy. Pro srovnání třikrát menší Tábor takový integrovaný systém má. O větších městech po republice nemluvě. Bohužel v jihočeské metropoli zůstalo u pilotního projektu na Hlubokou nad Vltavou.