Přesto je obhajoba českých národních zájmů v rámci Unie velice potřebná a důležitá. Tím spíše, že tak s ohledem na své zájmy činí všechny členské země EU a my tomu nemůžeme jen tak pasivně přihlížet.

Ochranou českých národních zájmů v EU se zabývá jednak exekutiva, kdy pohledy a postoje jednotlivých rezortních ministerstev se protínají ve vládním výboru pro EU, kde se stávají oficiálními postoji vlády ČR a jsou takto obhajovány před tuzemskými parlamentními komorami a evropskými institucemi.