GIBS koncem února oznámila, že Babiš se několikrát s Murínem sešel a na schůzkách vyzval šéfa inspekce k rezignaci, což by se obešlo „bez skandálu“. Babiš to popřel, ale následně začal Murína veřejně kritizovat a zahájil s ním kázeňské řízení. Premiér uvedl, že nemá k řediteli inspekce důvěru, a zpochybnil hospodaření inspekce. Tento jeho krok vzbudil kontroverze, jednak kvůli obavám z domnělé snahy Andreje Babiše ovlivnit běžící vyšetřování jeho osoby v souvislosti s podezřením z dotačního podvodu v kauze Čapí hnízdo, jednak proto, že v tomto případě Andrej Babiš použil zákon platný pro řadové policisty, kterým Michal Murín nebyl.

Murín oznámil, že z funkce odstoupí ke konci dubna a odejde do civilu. Pokud by ředitelem zůstal, mohlo by to podle něho vést ke zpochybňování výsledků práce GIBS.

Sněmovní opozice soudí, že se Babišova vláda snaží získat kontrolu nad bezpečnostními sbory včetně inspekce. Premiérův postup kritizuje i kvůli jeho trestnímu stíhání v případu Čapí hnízdo. Spekulacím nahrává i fakt, že se po tomto kroku GIBS skutečně začala zajímat o novináře, kteří v minulosti informovali veřejnost o některých jednotlivostech v souvislosti s touto kauzou.

Inspekce bezpečnostních sborů (GIBS) je ozbrojený bezpečnostní sbor, který vznikl v lednu 2012, mimo jiné i kvůli boji o Policii ČR mezi ODS a Věcmi veřejnými (VV), a stal se tak nástupcem předchozí Inspekce Policie České republiky (dříve Inspekce ministra vnitra).

Původně zákon o GIBS schválila už vláda Mirka Topolánka v roce 2009, pak znovu vláda Petra Nečase v roce 2011. Ve sněmovně pro zákon hlasovali ODS, Věci veřejné a TOP 09 se Starosty. ČSSD se většinou zdržela, část poslanců byla proti. Proti hlasovali komunisté.