„Jsem velice rád, že kontrolní závěr NKÚ neodhalil žádné plýtvání. Potvrdil, že rezort pod mým vedením každou korunu vynaložil zcela správně. Nesrovnalosti, které NKÚ popsal, se týkají pouze nepřesného administrativního zařazení jednotlivých účtovaných položek. To, co v titulku tiskové zprávy úřadu může na první pohled vyznívat jako špatné zacházení s 5 miliardami, je tedy ve skutečnosti pouze nepřesné zařazení těchto peněz do výkazů. Peníze se neztratily, jen si upravíme metodiku výkazů tak, aby odpovídala přesně představám NKÚ,“ vysvětlil ministr zdravotnictví Svatopluk Němeček.

Fakticky to tedy znamená, že NKÚ měl jiný názor na zařazení některých účtovaných položek a už v průběhu kontroly MZČR některé postupy upravovalo tak, aby pro příští rok plně vyhovovaly představám kontrolorů. Upozornění, že si úřad musí upravit metodiku, jsme tedy vnímali už v průběhu kontroly a na těchto úpravách již pracujeme. Jakékoli nesprávnosti za rok 2015 už tedy nehrozí. Samotný NKÚ přitom v kontrolním závěru uvádí, že „Nejednoznačnosti a nejasnosti v účetních předpisech, které nelze dávat k tíži účetní jednotce, způsobují odlišný výklad některých ustanovení těchto předpisů, vykazování odlišných údajů v účetních uzávěrkách a jejich nesrovnalost mezi vybranými účetními jednotkami.“ To tedy znamená, že samotný NKÚ sděluje, že nejasnosti jsou v obecně platných účetních předpisech vydávaných ministerstvem financí, vznikají nejednoznačností některých metodik a MZČR jim tedy nemělo de facto možnost předejít. To platí jak pro výtku dle NKÚ nesprávného účetního zařazení částky 3,4 miliardy Kč na jednom z desítek podrozvahových účtů, tak i pro nesrovnalosti ve vykazování hodnoty zásob antivirotik a pro nesprávnosti ve finančním výkazu pro hodnocení plnění rozpočtu. Pokud by došlo k jakémukoli pochybení při vynakládání státních peněz, NKÚ by uložil za takový postup pokutu. MZČR žádnou pokutu nedostalo.

Co se týká výtky NKÚ k provozování kotelny, jde o záležitost starou desítky let. Budova MZČR obsahuje kotelnu, která už historicky vytápí i sousední Ministerstvo práce a sociálních věcí nebo vestibul přilehlé stanice metra. Odpojit tyto objekty na zimu od zásob tepla jen proto, abychom vyhověli novým požadavkům předpisů, není reálné řešení. Tyto budovy by zůstaly fakticky bez možností vytápění, protože nemají patřičné rozvody ani reálnou možnost instalovat do daných prostor náhradní velkokapacitní zdroj tepla. Jediným zbývajícím řešením je tedy respektovat výtku NKÚ a podat přihlášku jako plátce DPH, což MZČR udělalo.