Kontroloři ministerstva zjistili, že SÚKL v letech 2016 a 2017 nedodržoval lhůty pro výkon jednotlivých agend, zejména u notifikace zdravotnických prostředků, kde bylo několik tisíc nevyřízených žádostí, a také v agendě registrace, cen a úhrad léčiv. Některé lhůty byly překračovány až několikanásobně a ve velkém počtu řízení. „Délka správních řízení je bohužel dlouhodobý problém, který jsme zdědili po bývalém vedení ústavu. Od svého nástupu do funkce důrazně apeluji, aby ústav za prvé, v co možná nejkratším termínu zpracoval všechny nevyřízené žádosti, a za druhé, aby výrazně zrychlil proces správních řízení. Opatření v této oblasti bohužel zdrželo vleklé výběrové řízení na nového ředitele ústavu. Paní ředitelka Irena Storová mě však ihned po jmenování ujistila, že správní řízení patří mezi její priority,“ uvedl ministr zdravotnictví Adam Vojtěch.

Ministerská kontrola se dále zaměřila na veřejné zakázky. Zde odhalili nedostatky v postupech při zadávání veřejných zakázek, které byly v rozporu s vnitřní směrnicí SÚKL a zákonem o zadávání veřejných zakázek. Jednalo se zejména o pochybění v hodnocení nabídek, kdy opakovaně docházelo k různému přístupu k hodnotícím kritériím, například u kvalifikací uchazečů. U některých byla předložená kvalifikace uznána a v jiných případech nikoliv.