Ta má kompetence v oblasti trestního řízení a plní úlohu policejního orgánu již od roku 1995. V rámci rezortu i mimo něj (například kolokvium Kompetence a činnost Celní správy, celnictví v Evropské unii na půdě Senátu) probíhaly od roku 2007 pravidelné diskuze na téma rozšíření těchto kompetencí s cílem využít potenciálu a odbornosti Celní správy zejména ve vztahu k řešení daňové trestné činnosti. Tento záměr byl částečně naplněn s účinností od 1. 8. 2016, kdy Celní správa získala možnost prověřovat všechny případy krácení DPH. Před touto změnou byla v rámci trestního řízení příslušná zejména k odhalování krácení těch daní, jejichž je správcem, tedy spotřebních a energetických daní a DPH při dovozu (tedy marginální části DPH).

Ministerstvo financí nyní předložilo do mezirezortního připomínkového řízení novelu, jejíž součástí je:
rozšíření kompetencí k prověřování zkrácení i ostatních daní (zejména daní z příjmů) a související trestné činnosti,
získání kompetence k vyšetřování trestných činů.