Kontroverze vyvolávalo především financování nepedagogických pracovníků, které má nově přejít na samosprávy, tedy na obce a kraje. Změnu podrobili Piráti kritice, mají k ní několik výhrad. „Opakovaně jsme upozorňovali, že je nereálné přehodit odpovědnost za financování nepedagogických pracovníků na zřizovatele bez jasného plánu a dostatečné přípravy, v původním termínu k září?2025,“ uvedla místopředsedkyně Poslanecké sněmovny a Pirátů Olga Richterová.

Pod tlakem Pirátů a samospráv nakonec Bek posunul datum změny financování na leden 2026. Podle náměstkyně primátora Ostravy pro vzdělávání, inovace a digitalizaci Andrey Hoffmannové je celkově novela nedotažená: