Ústav sídlí v historických prostorách na Malé Straně a na schodišti tam visí cedulka, která ukazuje výšku vody při povodních v roce 2002. Voda tehdy zalila i rozsáhlé knižní fondy, z nichž část se podařilo zamrazit a posléze usušit. „Obnova největší oborové knihovny v ČR byla možná především díky pomoci řady evropských archeologických institucí,” řekl ředitel Archeologického ústavu Jan Mařík. Po povodních ústav také vybudoval moderní laboratoř v Holešovičkách, která se zaměřuje na restaurování archeologických nálezů.

Moderní laboratoře v Holešovičkách

Viking v knížecích službách?

Mezi nejcennější archeologická naleziště, jejichž výzkumu se ústav systematicky věnuje již od svého založení, patří Pražský hrad a Vyšehrad. Zajímavé poznatky přinesl archeogenetický výzkum ostatků z raně středověkých pohřebišť. Spolu s prvními přemyslovskými panovníky byl na Pražském hradě pohřben také muž, o jehož mimořádném postavení svědčí výbava bojovníka. Tento muž, patrně člen knížecí družiny, se podle výsledků izotopových analýz narodil a vyrostl v severní Evropě nebo ve Skandinávii - mohl být patrně i Vikingem.