Podporovatelé stavby navrhují, aby se cenné druhy přestěhovaly na nově vytvořená stanoviště. Podle studie Masarykovy univerzity v Brně jde o nesmysl. Otázkou zůstává, jak se kompenzacím vyjádří Ministerstvo životního prostředí.

Autoři Koncepce vodní dopravy[i] i experti posuzující vliv jezu se shodují, že plavební stupeň zlikviduje cenné štěrkopískové náplavy. Na nich žije přes 200 rostlinných druhů, z toho 37 patří mezi ohrožené rostliny, například drobnokvět pobřežní. Podle odborníků na ochranu přírody jsou návrhy na přestěhování nevyzkoušené, neprokazatelné a přestěhování ohrožených druhů je tudíž nemožné[ii]. Česká republika by tak porušovala vlastní zákon o ochraně přírody a krajiny i evropskou legislativu na ochranu lokalit Natury 2000.

„Labské bahnité náplavy mají jiný charakter, než jejich zbytky na ostatních českých a moravských řekách. Jedinečné jsou také svou rozlohou a tím, jak je řeka vytváří a modeluje. Byla by mezinárodní ostuda, pokud bychom je nedokázali ochránit,“ říká Mgr. Eva Volfová, soudní znalkyně v oboru ochrana přírody, která se sledováním biologicky cenných lokalit v údolí Labe zabývá dlouhodobě.