Zákonnou povinností správce daně je zároveň kontrolovat, zda žadatelé nezneužívají této státní pomoci, a proto Finanční správa od jara 2020 kontinuálně monitoruje výplatu kompenzačního bonusu. V některých případech Finanční správa zjistila jeho zneužití a podala 133 trestních oznámení, přičemž bylo před neoprávněnou výplatou uchráněno cca 47 mil. Kč.

V současné době Finanční správa oslovuje žadatele o kompenzační bonus, u kterých bylo na základě spolupráce s jinými resorty zjištěno, že souběžně čerpaly kompenzační bonusy a covidové podpory vyplácené jinými resorty, u nichž zákon souběh výslovně zakazuje.