NKÚ v závěrech kontroly vytýká Finanční správě například nedostatečné kroky při odhalování možných daňových úniků prováděných pomocí propojených firem. Nejvyšší kontrolní úřad konstatuje, že „přes velký význam těchto údajů MF zavedlo pro jejich zjišťování pouze přílohu (tiskopis) k daňovému přiznání“ a dále že GFŘ neanalyzovalo, zda taková data skutečně mohou pomoci, nebo půjde jen o zbytečnou administrativní zátěž.

Podle stanoviska GFŘ je ale tento závěr zavádějící. Zavedení zmíněné přílohy bylo podrobeno veřejné diskusi se zástupci daňových poradců, akademické obce i velkých podniků. Ty proběhly před zavedením přílohy k převodním cenám. Diskutováno bylo několik variant včetně možnosti zavedení povinné dokumentace k převodním cenám, kterou má povinně zavedeno mnoho vyspělých států. Protože Finanční správa chtěla co nejméně zatížit daňové poplatníky, byla zvolena varianta přílohy k převodním cenám a nikoliv varianta povinné dokumentace. Příloha byla zaváděna na základě pozitivních zkušeností a důkladných analýz.

Přínos zavedení přílohy jednoznačně prokazují fakta, která měli k dispozici také kontroloři NKÚ. U subjektů podávajících přílohu v roce 2014 došlo oproti roku předchozímu k nárůstu základu daně o více než 8 % a ke snížení daňové ztráty o 35 %, a to po očistění o ukazatel ekonomického růstu. Dalším přínosem zavedení samostatné přílohy je lepší a efektivnější cílení daňových kontrol v oblasti převodních cen, což prokázal nárůst daňových doměrků v této oblasti, a to konkrétně ve změně daňové povinnosti ze 71 mil. Kč na 886 mil. Kč a u snížení daňové ztráty ze 131 mil. Kč na 8.503 mil. Kč. Stejně tak došlo ke zvýšení efektivity daňových kontrol v oblasti převodních cen a tím pádem nižšímu zatěžování poplatníků, kteří měli převodní ceny v souladu se zákonem.