U obou programů si podnikatelé stěžují na vysokou administrativní náročnost podávaní žádostí o záruční úvěr. V případě COVID III naprostá většina podnikatelů (přesně 84 %) označuje proces vyřizování jejich žádostí buď za srovnatelně náročný, nebo náročnější než u standardního úvěru u banky v době před koronakrizí. U programu COVID Praha to je dokonce 94 % podniků.

Kromě mezd a odvodů některé firmy použily úvěry také na pokrytí nájemného a další nutné provozní výdaje, tedy na energie, vodné a stočné, internetové a telefonní připojení nebo pohonné hmoty.