To je například jediným zařízením, které spustilo léčbu časného stadia rakoviny prostaty v 5 dnech a může se chlubit vynikajícími výsledky při léčbě karcinomu prostaty obecně.  MUDr. Jiří Kubeš, PhD., primář PTC odmítá tvrzení, že protonová léčba má srovnatelné výsledky při léčbě karcinomu prostaty jako standardní fotonová terapie: „ Po protonové léčbě je 97% nemocných bez změny sexuálních funkcí. Po fotonové léčbě, ať už IMRT či brachyterapii, postihuje erektilní dysfunkce až 40% nemocných. Protonová léčba také radikálně minimalizuje riziko inkontinence na pouhé 1%, a tedy 99 % pacientů nebude inkontinentních.“ 

Důležitým faktorem v porovnání metod je i relaps onemocnění, tedy jednoduše řečeno jeho návrat. I tady má protonová terapie přesvědčivé výsledky. V případě operace (prostata nízké riziko) se onemocnění navrací  v 10% případů, u ostatních stádií karcinomu prostaty se riziko návratu rakoviny po operativním zákroku zvyšuje na 30%. U protonové léčby je to pouhé 1 %.