Dne 26. - 27. dubna 2016 navštívili pověření zaměstnanci Kanceláře veřejné ochránkyně práv na základě stížnosti bývalých zaměstnanců Chrastavy toto školské zařízení. Zjistili závažná pochybení, popsána následně ve Zprávě z návštěvy zařízení, vydané 13. května 2016. Současná ministryně Kateřina Valachová rozhodla situaci urgentně řešit na základě telefonického oznámení z KVOP a na písemnou zprávu nečekat. Zjištěním situace pověřila náměstka sekce vzdělávání, který společně s externím odborníkem z praxe, ředitelem ústavu Klíčov Patrikem Matoušů, Chrastavu 16.5. navštívil. Oba na místě shledali taktéž zásadní nedostatky. Ty se týkají zejména zcela neadekvátního systému hodnocení dětí, porušování jejich základních práv (mají velmi omezenou možnost samostatného pohybu mimo zařízení v návaznosti na hodnoticí systém, jsou omezovány v jídle, možnosti styku s rodinou, jsou jim stříhány vlasy, atd.). Následně byla opětovným prošetřením pověřena ČŠI, která 20.5. shledala všechny body stížnosti důvodnými. Ústřední školní inspektor Tomáš Zatloukal dal ihned pokyn k provedení důsledné analýzy inspekční činnosti konané v tomto zařízení v prosinci 2015 a současně dal podnět k zahájení kárného řízení s konkrétními pracovníky ČŠI.

„Považuji za naprosto nepřípustné porušování práv dětí a mládeže, kdy saháme dokonce na jejich elementární potřeby, jako je jídlo, pití, možnost styku s rodinou, volný pohyb apod. Vedení a personál zařízení, byť nezpochybňuji, že to je vzhledem k výchovným prohřeškům dětí a mládeže zde umístěných někdy složité, má veškeré své působení sladit s výchovně vzdělávacími principy v souladu s náplní a posláním školského zařízení,"  hodnotí situaci ministryně Kateřina Valachová. 

MŠMT se snaží s ohledem na citlivost situace a věk dětí a mládeže atmosféru nevyhrocovat, ale naopak činit všechny potřebné kroky k okamžité nápravě a zklidnění situace. I proto ministryně Valachová oceňuje připravenost a ochotu speciální pedagožky a psychoterapeutky Soni Cpinové přijmout pověření řízením školského zařízení pro výkon ústavní a ochranné výchovy v Chrastavě do doby jmenování nového ředitele, které proběhne na základě výběrového řízení.