Týkají se např. role Ministerstva průmyslu a obchodu ve financování výzkumu, vývoje a inovací. MPO v žádném případě není odpovědné za výzkumná centra financovaná z operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace (VAVPI), tady jde jednoznačně o odpovědnost Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy.

MPO nikdy neusilovalo a neusiluje o převedení TA ČR pod služební zákon, ani o převedení implementace evropských fondů pod tuto agenturu. Tyto myšlenky se sice objevily už před třemi lety a přišlo s nimi naopak samo tehdejší vedení Technologické agentury. V praxi se však neujaly a MPO nevidí žádný důvod se k nim vracet.