Zákon oproti původní verzi doznal několika změn, jimiž Ministerstvo financí reaguje na diskuzi v rámci připomínkového řízení. Zákon je nadále koncipován plošně. Vyhláška však dočasně vyjímá z povinnosti evidovat tržby všechny činnosti s výjimkou ubytovacích a stravovacích služeb, velkoobchodu a maloobchodu. Na další činnosti bude aplikace zákona rozšířena postupně v návaznosti na výsledky rizikové analýzy Finanční správy.

Ze zákona byla odstraněna povinnost zákazníka převzít účtenku. Ministerstvo financí se rozhodlo omezit pouze na pozitivní motivaci zákazníků k přebírání účtenek. „Mnohem účinnější než pokuty bude, když se nám podaří vysvětlit základní cíl elektronické evidence, kterým je konec diskriminace poctivých podnikatelů,“ uvedl ministr financí Andrej Babiš.

Zásadní změnu doznal systém sankcí. Uzavření provozovny či pozastavení výkonu činnosti je pojímáno pouze jako předběžné opatření, které bude možné využít dočasně, a to do doby sjednání nápravy. „Chceme dát jasně najevo, že není cílem Finanční správy poškodit poplatníkům jejich podnikání“, vysvětlila náměstkyně ministra financí pro daně a cla Simona Hornochová. „Zároveň však musí existovat opatření, které Finanční a Celní správě umožní účinně a efektivně zasáhnout, když se někteří rozhodnou zákon nerespektovat,“ doplnila.