Úřad kontroloval program na podporu aplikovaného zdravotnického výzkumu v době, kdy probíhalo zhodnocení přínosu výstupů a jejich využitelnosti v praxi. Agentura pro zdravotnický výzkum tak v době kontroly nemohla mít zhodnocení programu k dispozici. Bohužel NKÚ k tomuto faktu nepřihlédnul.

Přínos výstupů aplikovaného výzkumu v biomedicíně je standardně posuzován na základě publikací. Tím se výzkum v biomedicíně liší například od průmyslového výzkumu. Teprve z celosvětově zhodnocených výstupů v odborných publikacích jsou vytvářeny nové léčebné postupy a metodiky pro široké klinické využití, nikoliv naopak.