NKÚ mj. ve svých závěrech opomíjí změny v legislativě a zamlčuje v tiskové zprávě i to, že závěry nekonstatují jakékoliv porušení předpisů nebo nehospodárné využití finančních prostředků.

Za paradoxní považuje MZe výtku NKÚ k nižším investicím do protipovodňových opatření oproti původním plánům. Je třeba uvést, že se při realizaci protipovodňových opatření díky transparentnímu zadávání veřejných zakázek podařilo snížit náklady připravovaných staveb o více než 35 %. Úspory v řádu stovek milionů jsou tedy ze strany NKÚ prezentovány jako nedostatek.