Kontroloři konkrétně prověřili například to, jak podnik nakládal se svěřeným majetkem, jaké měl náklady na těžbu dříví nebo jak reagoval na zmenšení vojenských újezdů. V rámci kontroly se NKÚ soustředil také na to, jak Ministerstvo obrany plnilo své povinnosti zakladatele státního podniku. VLS hospodařily se svěřeným majetkem v hodnotě 8,5 miliardy korun až na několik případů bez větších problémů.

Podnik například postavil rodinný dům pro ubytování ředitele divize Karlovy Vary za více než 7,3 milionu korun. Takové náklady jsou podle NKÚ neúměrně vysoké s ohledem na to, jaký účel má tato stavba plnit. Řešit ubytování zaměstnance – přestože se jedná o vedoucího pracovníka – výstavbou rodinného domu s pozemkem vysoce překračuje obvyklý standard poskytovaných benefitů. Rodinný dům s rozlohou 233 m2 a pozemkem přesahujícím 2 500 m2 je i v ostrém kontrastu s bydlením ostatních ředitelů divizí, které se svou rozlohou pohybuje od 25 m2 do 54 m2 obytné plochy.