Zabývali se také tím, jakým způsobem využívala peníze ze základního fondu, provozního fondu a fondu prevence, u kterých je právními předpisy stanoveno, co a jak z nich může být financováno. Ke kontrole NKÚ vybral vzorek peněz a majetku v hodnotě více než 22 miliard korun. V neposlední řadě se NKÚ zabýval i tím, jak Ministerstvo zdravotnictví (MZd) plnilo své povinnosti vůči VZP.

Z kontroly vyplynulo, že u fondu prevence postupovala VZP v několika případech netransparentně a diskriminačně. Také hradila projekty, které z fondu prevence hradit neměla. Dlouhodobě také nedostatečně spravovala pohledávky.

Nejvýraznější nedostatky kontroloři zjistili u fondu prevence. VZP za léta 2018 a 2019 zaplatila za přímořské ozdravné pobyty dětí „Mořský koník“ téměř 59 milionů korun dodavateli, kterého měla z výběrového řízení vyloučit. Dodavatel například porušil podmínky zadávací dokumentace. Také uvedl v nabídce nepravdivé údaje, což VZP zjistila při inspekci ještě před uzavřením smlouvy. Přesto s ním smlouvu uzavřela. VZP tak jednala netransparentně a diskriminovala ostatní uchazeče.