Náklady na jeden kilometr modernizace byly u III. koridoru 176 milionů korun, u IV. koridoru 203 milionů korun. Modernizace se podle NKÚ neúměrně prodlužuje. Podobný problém přitom kontroloři popsali už v roce 2009, situace se ale i přes přijatá opatření k lepšímu nezměnila. Modernizaci koridorů schválila vláda v letech 2001 a 2002 s tím, že budou dokončeny do roku 2010. Podle současného odhadu se je ale nepodaří dokončit dříve než v roce 2021. Modernizace tak potrvá přes 18 let. Navíc stále není dořešena stavba některých úseků.

Už v roce 2004 poukázal NKÚ na to, že model financování modernizace zpracovaný Ministerstvem dopravy je nereálný. Kvůli nedostatku peněz ministerstvo nejdřív prodloužilo termín dokončení o 6 let na rok 2016. Zpoždění ale pokračovalo. Do června 2015 se podařilo zmodernizovat z III. koridoru dlouhého 329,4 kilometru 71 % trasy. Příprava a samotná stavba dosud stály 41,6 miliardy korun. Ze IV. koridoru, který měří 179,9 kilometru, je zatím dokončeno 59 % trati. Příprava a stavba už stály 23,1 miliardy korun.