Pro efektivní a cílené financování a jasné časové naplánování konkrétních akcí vytvořilo dvě koncepce a čtyři programy. Ministerstvo si v koncepcích stanovilo pořadí akcí podle priorit. Kvůli hospodářské krizi ale získalo do svého rozpočtu méně prostředků, než předpokládalo, takže nemělo dost peněz na pokrytí těchto priorit. Často také na jejich úkor nejdřív investovalo do projektů, kterými řešilo aktuální problémy, například havarijní stavy budov. Výsledkem je, že se většina plánovaných akcí zatím neuskutečnila nebo jen v omezené míře. Kontroloři navíc zjistili, že když už ministerstvo peníze do programu získalo, tak je kvůli špatně připraveným akcím nedokázalo vyčerpat.

Ministerstvo v koncepcích pro roky 2008 až 2013 vyčíslilo, že na obnovu majetku bude potřebovat 22 miliard korun. Na tuto obnovu ale Ministerstvo financí nakonec schválilo jen necelých pět miliard. Ministerstvo spravedlnosti tak nedostalo ani čtvrtinu z těchto peněz, přesto se mu podařilo ze zmíněných 5 miliard vyčerpat jen 3,4 miliardy korun.