MŽP zabezpečuje a řídí „Jednotný informační systém o životním prostředí“ (JISŽP). Ten má pořizovat, spravovat a hodnotit data a poskytovat informace z oblasti životního prostředí. Podle NKÚ je ale tento systém dosud pouze teoretickým konceptem, protože v současné době resort využívá 125 samostatných informačních systémů a databází, které nejsou vzájemně provázány ani integrovány. Tento stav vede mimo jiné k tomu, že stejná data jsou ukládána duplicitně hned v několika systémech a databázích. Tím se zvyšuje potřeba jejich úložné kapacity, což vede k vyšším provozním nákladům.

Odbornou podporu rozvoje a provozu JISŽP měla zajišťovat Rada pro rozvoj JISŽP, kterou založilo MŽP. Ta se ale v letech 2010 až 2012 vůbec nesešla a v období, kdy se scházela, neprojednala ani zmíněnou duplicitu ukládaných dat, ani například problematický projekt SIRIUS. Ten měl nahradit několik dílčích informačních systémů a databází. V rámci projektu SIRIUS mělo vzniknout jediné přístupové místo pro vstup dat i jediné místo, jehož prostřednictvím by státní správa mohla z těchto dat čerpat.