Kontrola začala před koncem roku 2020. MSp tak mohlo opravit některé účetní nesprávnosti zjištěné kontrolou ještě před uzavřením účetního období 2020. Poté sestavilo účetní závěrku, ve které ale byly další nesprávnosti ve výši téměř 51 milionů korun. MSp tyto nesprávnosti také opravilo, navíc ale provedlo i účetní zápis přesahující 106 milionů korun, kterým přeúčtovalo náklady roku 2020 do roku 2019. V nové účetní závěrce za rok 2020, kterou MSp následně sestavilo, tak vznikla významná nesprávnost, která zatížila několik výkazů účetní závěrky. Informace na dotčených položkách těchto výkazů jsou v důsledku toho nespolehlivé. V rozsahu ostatních informací ale podává účetní závěrka podle NKÚ věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

Ve vedení účetnictví kontroloři zjistili i některé systémové nedostatky. Kromě nesprávného účtování o nákladech z titulu cestovného se jednalo hlavně o nesprávné nastavení a použití metody časového rozlišení nákladů u opakujících se plateb. To vedlo k chybnému účtování nákladů na technickou podporu softwaru v řádu milionů korun.