Podíl vodní dopravy na přepravě zboží zůstává dlouhodobě nízký a k postupnému převodu části přepravy ze silnic na vodní cesty nedochází – od roku 2010 se pomocí vodní dopravy přepraví ročně přibližně jen jedno procento z veškerého přepraveného zboží. Hlavní příčinou je nespolehlivost labsko-vltavské vodní cesty. Důvodem jsou především přetrvávající problémy se splavností v úseku Ústí nad Labem – státní hranice. Řešením má být podle MD vybudování plavebního stupně v Děčíně. V názorech na jeho výstavbu ale přetrvávají zásadní rozpory mezi MD a Ministerstvem životního prostředí. ŘVC na jeho přípravu dosud vynaložilo 625 milionů korun.

Podobně je to i s plavebním stupněm „Přelouč II“. Ten je připravován od roku 1994 a přípravy provázejí opakované soudní spory mezi ekologickými organizacemi a státem. ŘVC za jeho přípravu dosud zaplatilo 302 milionů korun.