Více než půl miliardy korun vynaložilo Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) v letech 2016 až 2023 z prostředků státu a Evropské unie na projekty, které měly vést ke zvýšení kvality vzdělávání v regionálním školství a ke zlepšení výsledků žáků základních a středních škol. Kontrola NKÚ ukázala, že tyto peníze byly vynaloženy neúčelně. Kvalita vzdělávání se nezvýšila a žáci v klíčových kompetencích, jako je matematika, čtení a přírodověda, stagnují, nebo se dokonce zhoršují. To ukazují mezinárodní šetření i zprávy České školní inspekce. Tématem kontroly NKÚ bylo i začleňování ukrajinských žáků do českých škol. Podle kontrolorů reagovalo MŠMT na vzniklou situaci řadou opatření a zajistilo tak, aby ukrajinští žáci mohli v ČR realizovat své právo na vzdělání.

Kontrola ukázala, že projekty na řízení vzdělávání byly splněny formálně – k praktickému využití téměř nevedly. Příkladem může být „Průvodce strategickým a akčním plánováním“. Nejsledovanější video, které bylo součástí průvodce, mělo 537 zhlédnutí. Přitom škol je v ČR cca 11 tisíc. Nízká sledovanost dokládá nález NKÚ, že projekt nepřispěl ke zlepšení kvality vzdělávání ve školách a prostředky byly vynaloženy neúčelně.