NKÚ odhalil řadu pochybení: některé ukazatele, které slouží k posouzení úrovně plnění cílů programů MŽP a OPŽP, nebudou splněny; u národního dotačního Programu péče o krajinu (PPK) ministerstvo nestanovilo žádná kritéria pro jeho hodnocení a nesledovalo tak přínosy vynaložených prostředků; MŽP nepodalo ani jeden návrh na zápis předkupního práva státu do katastru nemovitostí, v důsledku čehož dochází k převodům přírodně cenných pozemků bez uplatnění přednostní nabídky státu. Kontrola ukázala i na pochybení při zadávání veřejných zakázek. Některé nedostatky vyhodnotil NKÚ jako skutečnosti nasvědčující porušení rozpočtové kázně.

Cíle programů MŽP a operačního programu Životní prostředí 2014–2020 nebudou splněny v plném rozsahu. K posouzení úrovně plnění cílů OPŽP slouží mj. tzv. výstupové indikátory, které si samo ministerstvo stanovilo. Ze sedmi těchto indikátorů nebudou splněny čtyři. Tři z nich vykazovaly na konci roku 2021 plnění pod úrovní 10 % cílové hodnoty. Nesplní se tak např. předpokládaný počet opatření k omezení nepůvodních druhů, opatření pro podporu druhů a stanovišť a opatření k předcházení, minimalizaci a nápravě škod působených zvláště chráněnými druhy. U národního programu „Podpora obnovy přirozených funkcí krajiny – od r. 2019“ nebude splněno šest z osmi cílových hodnot, tedy 75 % sledovaných indikátorů.

Dalším ze zjištění kontrolorů NKÚ je fakt, že MŽP nepodalo žádný návrh na zápis předkupního práva státu do katastru nemovitostí, čímž nepostupovalo dle zákona o ochraně přírody a krajiny. V důsledku takového jednání dochází k převodům přírodně cenných pozemků bez uplatnění přednostní nabídky státu. Na tuto skutečnost upozornil NKÚ již při kontrole v roce 2018.