NKÚ prověřil vzorek 13 projektů v hodnotě více než 5,1 miliardy korun. Z kontroly vyplynulo, že MD nemělo účinný systém řízení investic a schvalovalo nedostatečně připravené projekty, které nabíraly zpoždění a často se s nimi pojilo velké množství změn, což se podepisovalo na jejich výsledných nákladech. MD navíc při rozdělování peněz nepostupovalo podle schváleného harmonogramu, který počítal s přidělováním peněz nejdůležitějším projektům s největšími přínosy. Skutečné přínosy projektů pak nevyhodnocovalo. NKÚ také upozornil na možné porušení rozpočtové kázně za přibližně 86 milionů korun.

Příkladem nedostatečně připraveného projektu schváleného Ministerstvem dopravy bylo dokončení vltavské vodní cesty mezi Hněvkovicemi a Týnem nad Vltavou. ŘVC projekt připravilo podle nepřesných podkladů s očekávanými náklady 294 milionů korun. Stavba měla být dokončena v roce 2014, ale i kvůli velkému množství změn během výstavby dokončilo ŘVC projekt až v roce 2017. To vedlo i k tomu, že se snížil podíl evropských dotací na financování projektu z 85 % na 45 %.

Přínosy tohoto projektu jsou navíc sníženy tím, že MD projekty schvaluje jednotlivě, ne v rámci ucelených dopravních řešení. V tomto případě se na omezených přínosech podepsala prodleva v řešení splavnosti Vltavy pod zdymadlem Kořensko a dosavadní nezahájení prací na zvýšení mostu v Týně nad Vltavou. Jde o související projekty, jejichž dokončení je nutné pro splavnost celého úseku.