Kontroloři poukázali na nedostatky v oceňování údržbových prací a ve výběru dodavatelů, vinou těchto chyb pak v některých případech nevyhrál zakázku dodavatel s nejvýhodnější nabídkou. Nedostatky se podle NKÚ týkají také plánování oprav drah. Ty se často kvůli nedostatku financí odkládají i několik let, což je v konečném důsledku prodražuje.

Nejhorší situace je u mostů, propustků a tunelů. V roce 2013 bylo bez závad nebo se závadami odstranitelnými v rámci běžné údržby jen 33 % mostů, 36 % propustků a 38 % tunelů. SŽDC v letech 2010 až 2013 vynaložila na opravy ročně v průměru 8,9 miliardy korun, v roce 2014 měly náklady dosáhnout téměř 12 miliard korun. Za opravy a údržbu jednoho kilometru drah SŽDC ročně zaplatila průměrně jeden milion korun.

Kontroloři zjistili, že SŽDC používala pro oceňování údržby a oprav katalog cen, který neobsahuje objektivní informace. Mezi cenami v katalogu a nabídkovými cenami dodavatelů jsou u stejných prací neúměrně velké – někdy i stoprocentní – rozdíly.