V mezinárodním srovnání se postavení českých veřejných vysokých škol zhoršuje. Problémem je i to, že se veřejným vysokým školám nedaří získat peníze z mezinárodních grantů a navázat intenzivnější spolupráci se soukromým sektorem. Výdaje na jednoho studenta jsou v ČR v mezinárodním srovnání nízké, vysoké školy přesto každý rok nevyčerpaly peníze, které měly k dispozici, a navyšovaly zůstatky svých fondů.

Systém financování veřejných vysokých škol, který nastavilo MŠMT, nepomáhá k tomu, aby se zlepšila na těchto školách kvalita vzdělání. Samo si přitom zlepšení kvality vysokých škol určilo jako jednu z dlouhodobých priorit. Ministerstvo v posledních letech přiděluje veřejným vysokým školám stále více peněz v příspěvcích na počet studentů na úkor peněz rozdělovaných na základě výsledků. Postupuje tak zcela opačně, než si samo stanovilo.

V mezinárodním srovnání jsou sice výdaje na jednoho studenta nízké, vysoké školy ale zároveň v kontrolovaných letech každoročně nevyčerpaly prostředky, které měly k dispozici, a převáděly je na své fondy. V letech 2014 až 2019 narostly zůstatky těchto fondů o 45 %. V roce 2019 představoval zůstatek fondů celkem 19 miliard korun. To je přibližně 42 % objemu peněz, které MŠMT ve stejném roce vyplatilo veřejným vysokým školám.