MV a SZR nezajistily ani bezodstávkový provoz systému, zajišťující jeho dostupnost 24 hodin denně 7 dní v týdnu. Přitom tato opatření měla být hotova do konce roku 2019. Zmíněné nedostatky odhalili kontroloři NKÚ, když prověřovali nakládání s peněžními prostředky státu určenými na systém základních registrů. Podle kontrolorů byly desítky milionů z celkem 2,46 mld. Kč vydaných v letech 2015–2022 na provoz a transformaci systému základních registrů vynaloženy neúčelně a nehospodárně.

V roce 2018 připravilo MV koncept transformace základních registrů jehož zásadní změnou mělo být, že registry již nebudou sloužit jen sdílení informací uvnitř veřejné správy, ale také občanům, a to nepřetržitě bez ohledu na pracovní dobu úřadů. Koncept proto definoval nutnost zajistit a garantovat dostupnost systému základních registrů v režimu 24×7. Více než čtyři roky po stanoveném termínu není nepřetržitá dostupnost zajištěna.