Kontroloři se zaměřili na komunikační systém GSM-R, obdobu veřejné mobilní sítě, avšak s některými specifiky pro železniční dopravu, a zabezpečovací systém ETCS, který předává informace a pokyny strojvedoucímu či v případě potřeby umožní převzít kontrolu nad vlakem. Zavedení těchto systémů má zvýšit konkurenceschopnost železniční nákladní dopravy vůči silniční a umožní také širšímu okruhu dopravců vstoupit na český železniční trh. NKÚ prověřil šest projektů dohromady za více než 2,1 miliardy korun.

Česká republika má systémy GSM-R a ETCS zavést podle EU na více než 2 600 kilometrech železničních tratí, čehož by měla dosáhnout do roku 2030, nejpozději do roku 2050. SŽDC v době kontroly zavedla zabezpečovací systém ETCS pouze na dvaadvacet kilometrů dlouhém úseku v rámci pilotního projektu. MD přitom původně počítalo, že tento systém bude v roce 2016 zaveden na více než 1 300 kilometrech, v roce 2015 tento předpoklad snížilo na necelých 300 kilometrů tratí. Komunikační systém GSM-R byl v době kontroly zaveden už na téměř 1 750 kilometrech. Na zpoždění se podepsalo i to, že MD nevytvořilo závazný harmonogram pro zavádění těchto systémů. Aby měly systémy předpokládaný efekt, musí vzniknout oba.