Kromě toho se kontroloři zabývali i tím, jaké výsledky přinesly změny fungování územních pracovišť. Z kontroly vyplynulo, že změny režimu územních pracovišť nepřinesly očekávané úspory spojené s provozem budov. GFŘ také nepostupovalo správně při stanovování nájemného.

Na základě vlastní analýzy z roku 2015 GFŘ rozhodlo, že pro efektivní fungování stačí nižší počet územních pracovišť, a navrhlo jejich část, konkrétně 23 z tehdejších 103 podřízených územních pracovišť, zrušit. Ministr financí následně rozhodl, že se tato pracoviště rušit nebudou. GFŘ proto navrhlo řešení v podobě optimalizovaného režimu „2+2“, kdy činnost 23 územních pracovišť zajišťují ve dvou pracovních dnech alespoň dva pracovníci. V roce 2019 GFŘ pokračovalo ve změně režimu u dalších vybraných 33 územních pracovišť, a to s cílem ušetřit v prvním roce na výdajích spojených s provozem budov 14,2 milionu korun. Ušetřit se ale podařilo jen 6,8 milionu korun, tedy méně než polovinu.

NKÚ doporučuje GFŘ kvůli možným úsporám znovu se zabývat otázkou optimalizace počtu územních pracovišť, a to i s ohledem na rostoucí počet elektronických podání.