Na přeměnu původního vesnického domku s malou zahradou vypsalo Národní muzeum umělecko-architektonickou soutěž. Její vítězové Miroslav Cikán a Pavla Melková z MCA atelieru navrhli nadčasový projekt, který vnímá Palachovo sebeupálení jako klín, který rozdělil společnost a hluboce zasáhl osudy celé rodiny. Současně ale projekt otevírá Palachův odkaz široké veřejnosti a vytváří z něj věc veřejnou. Hlavním úkolem bylo zachytit a interpretovat hrdinský Palachův skutek, jeho vliv na osudy společnosti a samotné rodiny, citlivě včlenit Památník do prostoru Všetat a v neposlední řadě si poradit s komplikovaným prostorem domu, kde Jan Palach strávil své dětství a mládí.

„Jsem velice rád, že se Národnímu muzeu povedlo vybudovat z téměř zničeného a desítky let zapomenutého domku rodiny Palachových důstojný a nevšední památník Janu Palachovi. Jsem přesvědčen, že ačkoliv je rozlohou nevelký, svým významem pro připomínání klíčových událostí našich moderních dějin je ohromný. Národní muzeum není jen Historickou budovou na Václavském náměstí, ale je především institucí s celostátní působností a odpovědností. Bylo naší povinností se úkolu vybudovat důstojný památník Janu Palachovi ujmout. Všem, kteří se na jeho vzniku podíleli, moc děkuji. Myslím, že se podařilo vytvořit vskutku nevšední dílo,“ říká generální ředitel Národního muzea Michal Lukeš.

Součástí Památníku Jana Palacha je také expozice, která přibližuje především životní příběh Jana Palacha a jeho protest, kterým chtěl 16. ledna 1969 vyburcovat veřejnost z rezignace, do níž upadala necelých pět měsíců po srpnové okupaci. V expozici jsou k vidění jak autentické předměty, tak interaktivní obrazovky, které zprostředkují návštěvníkům dobové obrazové a zvukové záznamy. Díky tomu návštěvníci poznají nejen rodinné prostředí, ve kterém Jan Palach vyrůstal, ale rovněž jeho další životní osudy až do ledna 1969. Expozice zachycuje i reakce společnosti a státní moci na Palachův čin nejen v roce 1969, ale také v následujícím období tzv. normalizace a rovněž po roce 1989.