NKÚ prověřoval, jak byly rozdělovány peníze státního rozpočtu určené na účelovou podporu průmyslového výzkumu, vývoje a inovací. 

Při kontrole tří národních programů v gesci Ministerstva průmyslu a obchodu (MPO), z nichž bylo v letech 2016 až 2022 vynaloženo zhruba 10 mld. Kč, zjistil NKÚ nedostatky, které snižují účelnost a efektivnost poskytnutých dotací. Jak prokázala kontrola 19 vybraných projektů programu TRIO (pro léta 2016 až 2022), projekty sice převážně dosáhly očekávaných výsledků výzkumu a vývoje, ale ve většině případů nevedly k naplnění ekonomických přínosů v praxi. U kontrolovaných projektů NKÚ zjistil, že dva, resp. tři roky od ukončení řešení projektů dosáhly tržby v průměru jen 10,2 % a zisk 7,6 % objemu, který příjemci očekávali ve svých žádostech o podporu. I proto více než 63 % z 19 kontrolovaných projektů vyhodnotil NKÚ jako omezeně účelné a omezeně efektivní nebo zcela neúčelné a neefektivní. Vzhledem k tomu, že MPO neupřesnilo kritéria přiměřenosti osobních nákladů, dosáhla hodinová sazba v jednom případě až 4 000 Kč. MPO tak nezamezilo riziku nehospodárnosti výdajů.

MPO považuje za úspěšný takový projekt, který dosáhl např. plánovaného počtu patentů, užitných vzorů, průmyslových vzorů, prototypů či funkčních vzorků. Nebere však ohled na to, zda došlo také k naplnění předpokládaných ekonomických přínosů plynoucích ze zavedení výsledků výzkumu do praxe. Takové hodnocení ze strany MPO pokládá NKÚ za nedostatečné, neboť ekonomické předpoklady musely být uvedeny v žádosti uchazečů o podporu a byly součástí i hodnoticího procesu. Navíc tato data použilo MPO v roce 2018 k odhadu předpokládaných tržeb v průběžné zprávě pro vládu. Tehdy MPO odhadlo navýšení tržeb příjemců vlivem poskytnuté podpory z programu TRIO ve výši přesahující 100 mld. Kč za pět let po ukončení projektů (v letech 2019 až 2026). Vzhledem k výsledkům kontrolního vzorku je podle NKÚ pravděpodobné, že skutečnost zůstane daleko za očekáváním.