Prověřili také, jak MV provozuje stávající komunikační infrastrukturu svého resortu. NKÚ zkontroloval čtyři konkrétní projekty a související právní a konzultační služby v celkové hodnotě 700 milionů korun a vyhodnotil, že z těchto peněz bylo 390 milionů použito neoprávněně. U dvou kontrolovaných projektů se také kvůli častým personálním změnám a chybám v řízení opakovaně posunovaly termíny jejich dokončení.

Komunikační infrastruktura veřejné správy tvoří základ pro poskytování elektronických služeb a výkon veřejné správy. Jejím zásadním prvkem je CMS, které umožňuje informačním systémům veřejné správy mezi sebou komunikovat. Projekt CMS měl být původně dokončen v roce 2010, ale nebyl hotov ani do konce kontroly NKÚ. Vzhledem k tomu, že vznik CMS byl financován z 85 % z evropských dotací, hrozí, že Česká republika o část těchto prostředků přijde. Do konce kontroly za něj MV přitom zaplatilo více než 394 milionů. Dokončen nebyl ani projekt ITS NGN, za který MV do konce kontroly zaplatilo téměř 152 milionů korun a který měl být také z 85 % financován z evropských dotací. I přes zjištěné nedostatky kontrolované projekty přispějí k rozvoji komunikační infrastruktury veřejné správy.