Nejvyšší správní soud souhlasil s městským soudem v hodnocení několika procesních otázek. Ani podle něj není postup při odvolávání děkana z funkce obvyklým správním řízením, a rektor tak při něm musí dodržovat jen základní zásady činnosti správních orgánů – což zde bylo splněno. Stejně tak rektor nepochybil tím, že pro svůj záměr odvolat děkana získal nejdříve souhlas univerzitního akademického senátu a až poté vyjádření fakultního akademického senátu.

Městský soud se ale nesprávně domníval, že není oprávněn plně přezkoumávat důvody pro odvolání děkana. Podle něj je věcí rektora, jak si vymezí pojmy zájem vysoké školy a závažné poškození tohoto zájmu – a pokud rektor vyložil tyto (tzv. neurčité právní) pojmy logicky, není na soudu, aby se jejich obsahem jakkoli blíže zabýval.