Masarykovo nádraží plní nezastupitelnou roli v pražské příměstské dopravě, v pracovní dny jím projde více než 36 tisíc cestujících. V budoucnu budou právě zde začínat vlaky zajišťující nové železniční spojení s Letištěm Václava Havla. Jeho kapacita se proto zvýší ze současných sedmi na devět kolejí. Rekonstrukcí projde rovněž zabezpečovací zařízení a trakční vedení, stejně jako dosud nemodernizované kolejiště v obvodu Hrabovka. 

Pohodlný nástup do vlakových souprav zajistí nástupiště v normové výšce 550 milimetrů nad kolejí. Přístup na ně bude nejen ze stávající dvorany, ale nově také ze zastřešené platformy spojující Hybernskou a Opletalovu ulici s ulicí Na Florenci. Nejstarší existující nádraží v Praze díky tomu přestane být překážkou pro chodce mířící ve směru od Václavského náměstí k autobusovému nádraží Florenc.