V této souvislosti pracuje s několika variantami, jako nejvýhodnější se jeví novostavba menšího objektu. Při rozhodování o výsledném řešení celého prostoru zohlední Správa železnic i názor prostějovské radnice.

Celkovou rekonstrukci železniční stanice Prostějov místní nádraží plánuje Správa železnic realizovat v letech 2023 a 2024. V rámci stavby bude redukováno a rekonstruováno kolejiště a dojde k výstavbě nových, bezbariérově přístupných nástupišť. Provoz vlaků ve stanici bude dálkově řízen z Kostelce na Hané.