Mezi hlavní témata Středoevropského veterinárního kongresu lze zařadit představení účinných opatření vůči Africkému moru prasat (AMP) zaváděných v ČR, dále rovněž obchod se třetími zeměmi, opatření pro kontrolu obchodu se zvířaty v zájmovém chovu a v neposlední řadě modelaci přeshraničních chorob (Cross Border Disease Modelling).

Pro tato čtyři témata byla formulována doporučení, která budou dále projednávána jednotlivými členy EU. Ve věci afrického moru prasat doporučil kongres větší míru flexibility pro státy s výskytem AMP při stanovování infikovaného území a jeho pásem i příslušných opatření vzhledem k rozdílným a mnohdy určujícím podmínkám života divočáků. Uvedené doporučené nástroje pro tlumení a vymýcení nákazy AMP mají za cíl omezení rozsahu pohybu a redukci stavů divočáků.