Současná evropská i česká legislativa používání e-faktury umožňuje. „Maximálních výhod z e-fakturace lze dosáhnout pouze pokud se jedná o fakturu, která automatizovaně přenese data do podnikového účetního systému druhé strany. Tam jsou data opět elektronicky zpracována,“ vysvětluje Bohuslav Čížek, ředitel Sekce hospodářské politiky Svazu průmyslu a dopravy ČR a dodává: „E-faktura musí obsahovat všechny povinné prvky a další požadované vlastnosti. Mezi ty patří například možnost ověření elektronickým podpisem. Po celou dobu svého životního cyklu musí mít e-faktura neporušený obsah a musí být na požádání pro obě strany dostupná v čitelné podobě ať už v elektronické nebo papírové formě. Podle nařízení Evropského parlamentu nesmějí být elektronickému dokumentu upírány právní účinky a nesmí být odmítán jako důkaz ani v soudním a správním řízení.“

Ministr financí Ivan Pilný uvedl: „Ve shodě s výkladem Generálního finančního ředitelství mohu potvrdit, že z pohledu Ministerstva financí i Generálního finančního ředitelství, tj. konkrétně z pohledu účetního, daňového a finanční kontroly, jsou e-faktury rovnocenným dokladem písemným dokladům. Z tohoto pohledu používání e-faktur skutečně nic nebrání. Finanční správa sama dlouhodobě říká, že firmy se nemusí bát e-faktury používat, pokud takový dokument bude mít potřebné vlastnosti.“

S používáním e-faktury mají již zkušenost i členské firmy Svazu průmyslu a dopravy ČR Například ve společnosti Škoda Auto a.s. je elektronická fakturace využívána již od roku 2003. V současné době zde metodou elektronické fakturace zpracovávají 79 % všech příchozích faktur. „Jedná se o progresivní nástroj a naší firmě to přináší ulehčení zpracování dokladů. Přínos není jen pro firmu Škoda Auto a.s., ale i pro jednotlivé dodavatele. Faktury jsou v několika vteřinách v účetnictví a mohou být zaúčtovány. Nedochází ke ztrátě dokladů při zasílání poštou nebo při doručování mailem v PDF. Celkový proces se zrychlil a je zajištěna vyšší transparentnost,“ uvádí Luděk Koliáš, vedoucí účtárny kontokorentů, Škoda Auto a.s.