Orgány, instituce a jiné subjekty Evropské unie a jejích členských států mají povinnost bez zbytečného odkladu ohlašovat, zaznamenávat a ověřovat informace o jakémkoli trestném jednání, u něhož by EPPO mohl vykonat svou pravomoc (čl. 24 odst. 1 nařízení EPPO). Ohlásit trestný čin mohou ve 24 jazycích i soukromé subjekty a občané, a to prostřednictvím ohlašovacího formuláře ZDE. Případ je po registraci přidělen EDP, který jej vyšetří s pomocí spolupracujících institucí. Soudní řízení případu potom vedou vnitrostátní soudy.