Perlorodka je jedním z nejcitlivějších indikátorů čistých vod. Odhaduje se, že v celé České republice žije kolem 10 000 perlorodek různého stáří. Přestože se toto číslo může zdát vysoké, je pouze zlomkem původních počtů obývajících české a moravské řeky ještě na začátku 20. století. Ministerstvo životního prostředí je proto součástí mezinárodního projektu Malsemuschel, který probíhá v území horního toku řeky Malše, na česko-rakouském pohraničí od roku 2017 a cílí na podporu životního prostředí perlorodky, ve kterém jsou mimo jiné odchovávány mladé perlorodky k obnově přestárlé populace. Pro záchranu tohoto kriticky ohroženého druhu financuje MŽP a realizuje spolu s AOPK ČR také speciální záchranný program.