Podle stavebních úřadů nový informační systém práci nezrychluje, ale naopak prodlužuje jakýkoliv úkon, a to nikoliv v zanedbatelné míře. Ombudsmanovi se množí stížnosti stavebních úřadů. Nespokojenost zaznamenal také v médiích.  „Za jednu z nejvážnějších výhrad, která se v reakcích stavebních úřadů opakuje, považuji, že nový systém práci úředníků zpomaluje, místo toho, aby ji zjednodušil a urychlil,“ uvedl ombudsman Stanislav Křeček.

Stavební úřady poukazují na chyby Portálu stavebníka, který je vstupní branou pro komunikaci stavebníků s úřady, a informačního systému stavebního řízení, který slouží úřadům pro vyřízení žádostí stavebníků. Z Portálu stavebníka se totiž do informačního systému nepřeklápí všechny údaje uvedené v žádosti stavebníka. To může způsobovat vážné problémy. V důsledku nefunkčního modulu pro dotčené orgány hrozí vznik tzv. fiktivních závazných stanovisek. Tedy situace, kdy z důvodu nevydání závazného stanoviska ve stanovené lhůtě se má za to, že dotčený orgán vydal ke stavbě stanovisko souhlasné a bez podmínek.