Kontrola NKÚ zjistila řadu nedostatků jak na straně poskytovatelů dotace, kterými byly Ministerstvo pro místní rozvoj (MMR) a Státní fond podpory investic (SFPI), tak na straně příjemců. U sedmi z devatenácti kontrolovaných projektů, tedy u více než jedné třetiny, odhalili kontroloři nedostatky nasvědčující porušení rozpočtové kázně, a to až do výše 32,5 mil. Kč. Šlo nejčastěji o chyby při zadávání veřejných zakázek a o nezpůsobilé výdaje. 

Přesto NKÚ vyhodnotil kontrolované projekty a výdaje na ně jako účelné, s výjimkou jednoho. V tomto případě příjemce dotaci ve výši téměř 23 mil. Kč vyčerpal, avšak plánovanou tělocvičnu s lezeckou stěnou, fitness, sociálním zařízením, bufetem aj. nevybudoval.

U MMR a SFPI odhalil NKÚ významné nedostatky zejména v kontrolní činnosti. Ministerstvo např. v konečné fázi projektu mnohdy nekontrolovalo závěrečné vyhodnocení ani finanční vypořádání vyplacených dotací. SFPI na místě u příjemce dotace neprováděl kontrolu v rozsahu stanoveném právním předpisem.