Snížení rozpočtu ministerstva školství v souvislosti se zavedením zlevněného jízdného se žádným způsobem nedotklo financí na regionální školství, tedy platů pedagogických či nepedagogických pracovníků nebo ostatních neinvestičních výdajů regionálního školství. MŠMT se v souvislosti s financováním zlevněného jízdného krátil rozpočet o 400 milionů korun. Téměř 300 milionů půjde z nedočerpaných prostředků na mezinárodní spolupráci ve vědě a výzkumu.