Prezident Václav Klaus nechal církevní restituce projít, rozhodl se ale příslušnou normu nepodepsat. Vládě prý takovým postojem rozhodně nechce komplikovat situaci, je to jen však výraz jeho osobních postojů, kterým se distancuje od zpracování tohoto zákona. Podle Klause  „zákon nastavuje nerovné podmínky v přístupu státu k restitucím, obává se kvůli tomu případného vzniku nových restitučních nároků."

„Václav Klaus také poukázal na to, že nad schváleným řešením nepanuje konsenzus na politické scéně ani ve společnosti,“ připomněl pak k tomu Český rozhlas. Za Klause vysvětlil další okolnosti kolem nepodepsání zákona prezidentův tajemník Ladislav Jakl. 

„Ono vůbec nejde o klasický čistý restituční zákon při kterém se někomu vydává nějaký majetek jako to bylo u ostatních restitucí. Tento zákon má úplně jinou funkci – zákonem stát dává najevo, že si přeje, aby církve u nás byly finančně zajištěné  majetkem, aby mohly v budoucnu samostatně hospodařit. To ale nesouvisí s nějakými křivdami,“ řekl Jakl.