Konkrétně mají výhrady například k fungování tzv. rady veřejné vysoké školy. Ta má schvalovat statut školy i její rozpočet. Způsob jejího jmenování a její kompetence vyvolávají obavy z toho, že se výrazně omezí vliv akademické obce na chod konkrétní školy. Autoři reformy oponují, že změna posílí tzv. manažerský způsob řízení. Pod tímto termínem si lze představit nejrůznější věci. Veřejné vysoké školy nejsou firmami, které by měly produkovat zisk. Měly by poskytovat kvalitní vzdělání a vytvářet dostatečný prostor pro kritické myšlení a pro výzkum. To se může dostávat do rozporu s manažerským způsobem řízení. Zároveň by měl mít stát možnost určitým způsobem fungování vysokých škol korigovat. To se v současné době děje, ať už formou státního rozpočtu, ze kterého jsou financovány, nebo pomocí akreditační komise. Její význam a možnosti názorně vykresluje dění kolem plzeňských práv.

Další výhrady se týkají připravovaného systému tzv. funkčních míst docentů a profesorů. Zjednodušeně řečeno, pokud budou tato místa obsazena, nemusí mít škola zájem na působení dalších docentů či profesorů v tomto vzdělávacím ústavu. Autoři návrhu argumentují tím, že ve většině srovnatelných zemí zmiňovaná tzv. funkční místa existují. Zároveň je považují za jeden ze způsobů, jak omezit to, že někteří profesoři působí hned na několika školách a že si tím vysloužili označení létající profesoři.

V neposlední řadě hodně nevole vyvolalo připravované zavedení školného. Autoři tento krok obhajovali tím, že by mělo zvýšit šanci studovat více lidem. Nemělo překročit hranici 10 000 korun za jeden semestr a záleželo by pouze na dané škole, jakou částku by si zvolila. Toto opatření měl doprovázet systém nejrůznějších stipendií a také půjček. Úroky z ní měli splácet po skončení studia, půjčku potom v případě, že by dosáhli příjmu převyšujícího průměrný plat v zemi. Návrh byl později upraven na dvojnásobek životního minima, s čímž akademická obec nesouhlasí. Hlavně kvůli tomu, že nově zvolená hranice je výrazně nižší než ta původní.