Podle NKÚ nebylo prý účetnictví většiny kontrolovaných muzeí v letech 2008 a 2009 správné, úplné ani průkazné. Podle ministerstva nešlo o systémové nedostatky, navíc se mnohé už odstranily
    

Kontroloři zjistili nedostatky ve vykazování majetku, jeho evidenci, při účtování o něm a v inventarizaci. Konkrétně šlo například o neplnění povinností při inventarizaci muzejních sbírek nebo uzavírání smluv o výpůjčení sbírek na delší dobu, než umožňuje zákon.